In eerste instantie kan voortdurende reflux een onsteking veroorzaken van het slijmvlies van de slokdarm. De ernst van de onsteking hangt af van de mate en duur van de reflux. De onsteking wordt niet alleen veroorzaakt door het maagzuur maar ook door galzuren die naar boven komen. Deze galzuren worden door de lever gemaakt en via de galwegen uitgescheiden in de twaalfvingerige darm dat zich net achter de maag bevindt. Deze galzuren lopen ook deels de maag in en vermengen zich met de zure maaginhoud. Bij refluxziekte wordt de ontsteking van de slokdarm veroorzaakt door maag- en galzuren die naar boven komen. Deze zuren beschadigen het slijmvlies waardoor er een onstekingsreactie ontstaat. De mate van ontsteking kan variëren van licht tot ernstig. Bij een lichte ontsteking zijn er bijvoorbeeld tijdens een endoscopie (een kijkonderzoek) slechts enkele millimeter kleine streepvormige ontstekingen te zien aan het slijmvlies. Bij ernstige ontsteking is het slijmvlies over een groter oppervlak aangedaan. De zuurbrand klachten en pijn kunnen bij zo’n onsteking heel heftig zijn en soms leiden tot verkrampingen van de slokdarm. Er kunnen bloedingen ontstaan en de onsteking kan dieper worden waardoor er zweren onstaan. Als de reflux weer afneemt kan de slokdarm genezen. Dit gebeurt veelal zonder restverschijnselen. In sommige gevallen kan er litteken vorming zijn waardoor de slokdarm plaatselijk vernauwd kan raken. Dit kan leiden tot klachten van voedsel dat soms blijft hangen achter het borstbeen. Soms kan de chronische ontsteking leiden tot blijvende veranderingen van het slijmvlies. Dit wordt ook wel een Barrett slokdarm genoemd. In een enkel geval kan de voortdurende onsteking leiden tot een kwaadaardig gezel.